تألیف
1- راهی به رهایی: جستارهایی در باب عقلانیت و معنویت، مصطفی ملکیان، تهران: نگاه معاصر
2- مهر ماندگار: مقالاتی در اخلاق شناسی، مصطفی ملکیان، تهران: نگاه معاصر
3- مشتاقی و مهجوری: گفت وگو در باب فرهنگ و سیاست، مصطفی ملکیان، تهران: نگاه معاصر
4- حدیث آرزومندی: جستارهایی در عقلانیت و معنویت، مصطفی ملکیان، تهران: نگاه معاصر
5 - «سنت و سکولاریسم»، مصطفی ملکیان، عبدالکریم سروش، محمد مجتهدشبستری، محسن کدیور، تهران: صراط
6- گفت وگو درباره عقلانیت و نوگرایی، مصطفی ملکیان، پرویز رجبی، سیدحسین نصر، جان اسپوزیتو، محمدعلی اسلامی ندوشن، محمدعلی همایون کاتوزیان، تهران: پایان
7- سه گفت و گو با مصطفی ملکیان: دین، معنویت و روشنفکری دینی، مصطفی ملکیان، تهران: پایان
8- معنای زندگی (مجموعه مقالات)، مصطفی ملکیان (ویراستار)، اعظم پویا (گردآورنده)، تهران: ادیان
9- اخلاق باور ، مصطفی ملکیان ، تهران : دفتر نشر فرهنگ اسلامی
10- آرای اخلاقی و سیاسی مک اینتایر ، مصطفی ملکیان ، تهران ، بقعه
11- تقدیر ما تدبیر ما ، سعید حجاریان و مصطفی ملکیان ، تهران ، نگاه معاصر
12- فقر تفکر و متفکران فقیر ،محمدرضا اسدی، مصطفی ملکیان (مصاحبهشونده)، تهران: اندیشه امروز
13- بانگ آب: دریچهای به جهاننگری مولانا، سودابه کریمی ، با گفتاری از مصطفی ملکیان ، نشر شور
14- دین و معنویت و روشنفکری دینی ، سه گفتگو با مصطفی ملکیان ، نشر پایان
ترجمه
1- نظریه اخلاقی کانت، بروس اونی، مصطفی ملکیان (مترجم)، علیرضا آل بویه (مترجم)، قم: بوستان کتاب قم، ۱۳۸۱
2- اخلاق
زیست محیطی، لویی پویمان، مصطفی ملکیان (مترجم)، محسن ثلاثی (مترجم)، عباس
مخبر (مترجم)، محمد قائد (مترجم)، مژده دقیقی (مترجم)، هادی غبرایی
(مترجم)، منصوره شجاعی (مترجم)، مهدی داودی (ویراستار)، تهران: توسعه
3- سیری در سپهر جان: مقالات و مقولاتی در معنویت، مصطفی ملکیان (مترجم)، تهران: نگاه معاصر
4- «پل تیلیش»، جی هی وود توماس، مصطفی ملکیان (مترجم)، فروزان راسخی (مترجم)، تهران: نگاه معاصر، ۱۳۸۲
5- تنوع دین در روزگار ما: دیداری دوباره با ویلیام جیمز، چارلز تیلور، مصطفی ملکیان (مترجم)، تهران: شور
6- «گابریل مارسل»، سم کین، مصطفی ملکیان (مترجم)، تهران: نگاه معاصر، ۱۳۸۲
7- نگریستن از ناکجا به هرکجا
8- شبکه
باور، ویلاردون ارمن کواین، مصطفی ملکیان (مترجم)، امیر دیوانی (مترجم)،
محمدحسین صبوری (مترجم)، تهران: صدا و سیمای جمهوری اسلامی ایران (سروش)،
۱۳۸۲
9- نگاهی به فلسفه اخلاق در سده بیستم، استیون داروال، آلن گیبارد، پیتر ریلتن، مصطفی ملکیان (مترجم)، تهران: سهروردی، ۱۳۸۱
10- لودویگ ویتگنشتاین: ربط فلسفه او به باور دینی، ویلیام دانالد هادسن، مصطفی ملکیان (مترجم)، تهران: نگاه معاصر
11- «سیمون وی»، استیون پلنت، مصطفی ملکیان (مترجم)، فروزان راسخی (مترجم)، تهران: نگاه معاصر، ۱۳۸۲
ویرایش
1- دین و نگرش نوین، والترترنس استیس، احمدرضا جلیلی (مترجم)، مصطفی ملکیان (ویراستار)، تهران: حکمت
2- حقوق بشر: رویکردی میان رشته ای، مایکل فریمن، محمد کیوانفر (مترجم)، مصطفی ملکیان (ویراستار)، تهران: هرمس
3- الفبای آگاهی: تبیین و تحلیل مراحل و سطوح آگاهی، پیمان آزاد، مصطفی ملکیان (ویراستار)، تهران: بیدگل
4- معنای متن: پژوهشی در علوم قرآن، نصرحامدابوزید، مرتضی کریمی نیا (مترجم)، مصطفی ملکیان (ویراستار)، تهران: طرح نو
5- حکمت مردان صحرا: سخنانی از راهبان صحرانشین سده ی چهارم میلادی، تامس مرتن، فروزان راسخی (مترجم)، مصطفی ملکیان (ویراستار)، تهران: نگاه معاصر
6- تشبه به مسیح، توماس آکمپیس، سایه میثمی (مترجم)، مصطفی ملکیان (ویراستار)، تهران: هرمس
7- مفهوم ایمان در کلام اسلامی، توشی هیکو ایزوتسو، زهرا پورسینا (مترجم)، مصطفی ملکیان (ویراستار)، تهران: سروش
8- افعال گفتاری: جستاری در فلسفه زبان، جان سرل، محمدعلی عبداللهی (مترجم)، مصطفی ملکیان (ویراستار)، تهران: پژوهشگاه علوم و فرهنگ اسلامی
9- دیتریش بونهوفر، ادوین هانتن رابرتسن، منصور معتمدی (مترجم)، مصطفی ملکیان (ویراستار)، تهران: حقیقت
10- «دنیایی را تصور کن که ...: فلسفه به زبان ساده»، بریژیت لابه، میشل پوش، پروانه عروج نیا (مترجم)، مصطفی ملکیان (مقدمه)، تهران: آسمان خیال
11- مادر، هلن اکسلی، سیمین صالح (مترجم)، مصطفی ملکیان (ویراستار)، جوئنا کیدنی (نقاش)، تهران: آسمان خیال، نقد قلم
12- لبخند، سیمین صالح (مترجم)، مصطفی ملکیان (ویراستار)، هلن اکسلی (گردآورنده)، جوئنا کیدنی (نقاش)، تهران: آسمان خیال، نقد قلم
13- امید! رویا!، سیمین صالح (مترجم)، مصطفی ملکیان (ویراستار)، مهدیه بهرامی (گرافیست)، هلن اکلی (گردآورنده)، جوئنا کیدنی (تصویرگر)، تهران: آسمان خیال، نقد قلم
14- مرگ و جاودانگی: مقالاتی از هیوم، راسل، فلو، افلاطون، هیک و الن (همراه با نقدی گذرا)، سیدمحسن رضازاده (مترجم)، مصطفی ملکیان (ویراستار)، تهران: سهروردی، ۱۳۸۴
15- تجربه دینی، توماس ریچارد مایلز، جابر اکبری (مترجم)، مصطفی ملکیان (ویراستار)، رحیم رئوفت (ویراستار)، تهران: سهروردی، ۱۳۸۴
16- تسلای فلسفه، بوئتیوس، سایه میثمی (مترجم)، مصطفی ملکیان (ویراستار)، تهران: نگاه معاصر، ۱۳۸۵
17 عشق الاهی در عرفان اسلامی: تعالیم غزالی و دباغ، بنیامین آبراهاموف، مرضیه شریعتی (مترجم)، مصطفی ملکیان (ویراستار)، تهران: نگاه معاصر
18- سیطره ی خیر، آیریس مرداک، شیرین طالقانی (مترجم)، مصطفی ملکیان (مقدمه)، تهران: شور
19 درآمدی جدید به فلسفه اخلاق، هری گنسلر، حمیده بحرینی (مترجم)، مصطفی ملکیان (ویراستار)، تهران: آسمان خیال، نقد قلم
20- چگونه دنیا را متحد کنیم؟ اخلاق برای کودکان و نوجوانان، بریژیت لابه، میشل پوش، پروانه عروج نیا (مترجم)، مصطفی ملکیان (مقدمه)، تهران: آسمان خیال، نقد قلم
21- حیات معنوی از دیدگاه عرفان مسیحی: حقایق والای معنوی برای زندگی هر روزه، اولین آندرهیل، سیمین صالح (مترجم)، مصطفی ملکیان (ویراستار)، تهران: شور
22- «زبان اخلاق» نوشتۀ ریچارد مروین هیر، امیر دیوانی (مترجم)، مصطفی ملکیان(ویراستار)،انتشارات کتاب طه (قم)
23- مفهوم ایمان در کلام اسلامی، توشی هیکو ایزوتسو، زهرا پورسینا(مترجم)، مصطفی ملکیان ( مقدمه )، انتشارات سروش
24- فلسفه اخلاق. ویلیام فرانکنا، هادی صادقی(مترجم)، مصطفی ملکیان(ویراستار)، قم: کتاب طه
25- مبانی اخلاق، جرج ادوارد مور. غلامحسین توکلی(مترجم)، مصطفی ملکیان(ویراستار)، نشر پژوهشگاه علوم و فرهنگ اسلامی
26 گوهر و صدف عرفان اسلامی ، فریتیوف شووان ، مینو حجت ( مترجم ) ، مصطفی ملکیان ( مقدمه )
27- اعترافات قدیس آگوستین ، سایه میثمی ( مترجم ) ، مصطفی ملکیان ( ویراستار )
28- در باب هستی و ذات ، توماس آکوئینی ، فروزان راسخی ( مترجم )، مصطفی ملکیان ( ویراستار )
29 عرفان اسلامی چیست ، مارتین لینگز ،فروزان راسخی ( مترجم )، مصطفی ملکیان ( ویراستار )
30- نامه به یک کشیش ، سیمون وی ، فروزان راسخی ( مترجم )، مصطفی ملکیان ( ویراستار )
31- در پی معنا ، تامس نیگل، سعید ناجی (مترجم)، مهدی معین زاده (مترجم) ، مصطفی ملکیان ( ویراستار )، نشر هرمس
32- هوش، عقل و قوای ذهنی ، پیمان آزاد ( مترجم ) ، مصطفی ملکیان ( ویراستار ) ، نشر بیدگل
33- وحدت وجود به روایت ابن عربی و مایستر اکهارت ، قاسم کاکایی ،مصطفی ملکیان ( مقدمه )، نشر هرمس
34- دین و معرفت، برتراند راسل، جاناتان دنسی، ای.جی ایر، ژان پپین، ژاک دوشن-گیمن، ترجمه اعظم پویا، انتشارات صراط (استاد ملکیان مقاله های «لوگوس» و «مدعیات الهیات» را ویراستاری کرده اند).
35- ایمان چیست؟ جستارهایی در فلسفه دین، آنتونی کنی، ترجمه اعظم پویا، ویراسته مصطفی ملکیان، نشر هرمس.