دین چون یک نهاد قدرت است و جهات اجتماعی و سیاسی عمده‌ای را تحت پوشش خود دارد به همین دلیل همواره مورد دستبردهای ناصحیح و ناصواب از داخل و خارج قرار گرفته است... نهاد روحانیت بر اساس مرجعیت مراجع و بزرگان دین سعی می‌کند که مستقل از جهات مختلف مخصوصا از جهت قدرت بتواند روی پای خودش بایستند و مقاومت کند و به رسالت، وظایف و ماموریت‌های دینی و الهی خودش بپردازد اما در عین حال جریان‌هایی هم وجود دارند که به این استقلال و جایگاه طمع کردند و سعی دارند که به این نهاد آسیب بزنند... اولویت روحانیت، مردم و جامعه هستند و بنای روحانیت بر این است که ارتباط خودش را با مردم حفظ کند...
باید کل کشور اعم از مردم، حکومت، خود روحانیت و نهادهای حکومتی توجه داشته باشند که به استقلال روحانیت آسیبی وارد نشود و در مقام صیانت و حفاظت از دین و نهاد روحانیت همانطور که در طول قرون متمادی رواج داشته حافظ و نگهبان مرجعیت دینی و نهاد روحانیت باشند... الان در خود نهاد قدرت چنین اراده‌ای وجود دارد که روحانیت در خدمت قدرت باشد و این جایگاهی است که باعث آسیب و ضربه به روحانیت می‌شود. اینها شاید نیت خیری هم داشته باشند اما بدون شک اگر کسی به این انگیزه رود و روحانیت را برای خودش مصادره کند، قطعا آسیبی هم به نظام، روحانیت و مردم خواهد زد. تلاش همه باید این باشد که حکومت، دینی شود نه اینکه دین و نهاد روحانیت حکومتی شود...
الان تهدیدی که به روحانیت آسیب می‌زند این است که روحانیت بخواهد حکومتی شود؛ در حالی که حکومت بایستی از جایگاه روحانیت و به این دلیل که روحانیت نقش پدری و هدایت‌گری دارد استفاده کند. حکومت و قدرت منافعی می‌طلبد و چون در نهاد روحانیت این قدرت وجود دارد چه بسا بخواهد آن را به نفع خودش مصادره کند و این آسیبی است که متاسفانه وجود دارد. همگان باید اراده داشته باشیم که حکومت از جایگاه روحانیت و حوزه‌ها تامین شود نه اینکه روحانیت یا حوزه‌ها بخواهند برای نظام سربازی کنند و آنها عهده‌دار امور روحانیت شوند...
اگر جایگاه مرجعیت و علمایی که در حوزه دین و تحت اشراف مستقیم مراجع هستند استقلال داشته باشند و بتوانند از کیان و موقعیت نهاد روحانیت به درستی دفاع کنند، حتما حافظ و نگهبان این جایگاه خواهند بود. آنچه که الان ما ملاحظه می‌کنیم این است که ضعف و ناتوانی در این نهادهای اصیلی که در درون حوزه‌ها از قبل بودند، وارد شده و وقتی نهاد مرجعیت و عالمان و اندیشمندان دینی ضعف پیدا می‌کنند، طبیعی است در مقام عمل، طلاب و کسانی که مایه‌های علمی و اخلاقی چندانی نیندوختند، ممکن است دست به چنین اقدامات نادرستی بزنند...
مراجع بزرگوار در دیدارهای عمومی و خصوصی بارها این مساله را متذکر شده‌اند اما اکنون که برخی از نهادها مستقل از حوزه، روحانیتی را تحت پوشش دارند و باعث می شوند آنها تحت تعالیم بزرگان و مراجع قرار نگیرند، از ادبیات و فرهنگ صیانت و حفظ دین گاهی اوقات دور هستند و اینها هم احیانا منشأ چنین حرکت‌هایی هستند. چون بسیاری از این طلاب و کسانی که در مسندهای حکومتی قرار دارند به تعبیر آیت‌الله جوادی آملی نهال‌هایی هستند که هنوز رشد نکردند و درس و تحقیق و ادب و فرهنگی که باید در حوزه روحانیت باشد را به درستی نیاموختند لذا این دور ماندن از حوزه مرجعیت و وابسته شدن به نهادهای حکومت و قدرت، طبیعی است که چنین انحرافاتی را برای آنهایی که در کسوت روحانیت بوده و طلبه هستند، ایجاد کند...
من تاکیدم بر این است که حکومت و نظام باید سرباز و فرزند حوزه شناخته شود و به این استقلال و مقاومتی که در خصوص حوزه‌ها وجود دارد آسیب وارد نکند. اگر این حکومت نخواهد به دین و نهادهای مستقل دینی دست اندازی کند و آنها را به نفع خودش مصادره کند ما هم می‌توانیم حوزه خوب و پاک و پاکیزه‌ای داشته باشیم و هم می‌توانیم نظام را متاثر از دین و روحانیت اصیل و حوزه مستقل نگه بداریم. بنده عمده اشکال را در این جهت می‌بینم که قدرت انتظار دارد که دین و حوزه‌ها در خدمت او باشد در حالی که حکومت و نظام باید در خدمت حوزه‌ها باشند و از جایگاه حوزه‌ها و اندیشه مسیر حرکت حکومت‌ها و قدرت‌ها تعیین شود زیرا این تهافتی که امروزه وجود دارد موجب چالش جدی در عرصه نظام و مردم شده است.»
